本发明涉及一种呼吸式养殖池塘系统及运行方法，设置一对相邻的养殖池，池底建设波浪式或斜坡式结构，共用池埂的一端设置太阳能动力往复提水装置，另一端设置自控回水装置；根据天气变化感光装置控制往复提水装置自动将A池的部分水体提升到B池,使A池的部分底面暴露在空气中,自然氧化分解池底的沉积有机物；自控回水装置分别连通A、B池,并设有水位感应装置与电控阀门装置；当B的池达到设定水位和预订的暴露时间后，电控阀门接收水位感应装置的水位信号并打开，通过自控回水装置自然流水回到A池中；在A池达到水位平衡后，往复提水装置再将B池的部分水体输入到A池中，自控回水装置反向控制水流；如此往复，循环流水。