本发明涉及一种保活运输系统，属于保活运输领域。一种用于鲍鱼的保活运输系统，分为鲍鱼装载区和保活设备区，所述保活设备区内设置有装有循环用海水的水箱以及智能控制系统，所述智能控制系统连接冷热供给子系统、雾化喷淋子系统、曝气增氧子系统、净化杀菌子系统、车厢环境监测子系统，且控制和驱动各子系统的运行，所述智能控制系统包括嵌入式工控机，嵌入式工控机连接无线数据传输模块和GPS定位模块，实现实时远程监控，通过GPS定位模块控制从出发至目的地的整个保活过程；所述冷热供给子系统提供制冷模式和热泵制热模式。本发明通过全路程控制和提供远程控制提高了鲍鱼的存活率，又降低了运输成本，大大提高了保活运输的经济效益。