本实用新型提供了一种利用通气加压实现多层养殖的船载养殖系统，在船载养殖舱内自下而上依次设置有若干个相对独立的封闭养殖气室，船载养殖舱侧壁在不同高度处对应各个养殖气室开设置有若干组进水管路和排水管路，进水管路以及排水管路的一端与外部水域相连，另一端设于各养殖气室中；该些封闭养殖气室以外部的水域液面为界划分为第一养殖气室第二养殖气室，第一养殖气室与大气连通，第二养殖气室的内部气压高于第一养殖气室的内部气压，且第二养殖气室的深度越深内部气压越大。本实用新型提高了单位面积内的养殖气室数量，同时合理的调节了养殖舱的宽深比，通过通气保压的方式，降低了进水泵的扬程，进而降低了泵功率，节约能源消耗。