本发明公开了一种利用蓝藻水华形成生物絮团的方法；包括从发生蓝藻水华水体获取含原位水的蓝藻水华并适当浓缩，使得浓缩后的蓝藻水华体系的总氮浓度在40～150mg/L，溶解性总有机碳浓度在40～150mg/L，并使得总氮与总磷的比例(质量比)维持在3∶1～6∶1；维持浓缩后的蓝藻水华体系在22～38℃下曝气扰动20～25天后可见己经形成生物絮团，并且在生物絮团中出现了较多舟形藻、辐节藻等硅藻植物。该方法可将蓝藻水华转化为异养细菌为优势的生物絮凝物，可促进水体氮素的无害化处理及利用，加速水体营养物质的转换，可直接用于处理蓝藻水华，并且形成的生物絮团可直接用于水产养殖或污水净化。