本发明公开了一种城市富营养化河道生态修复方法，包括：在河道的拦控水闸设置拦控水位系统；在主河道，将清淤的土方堆成沿河缓坡、河心岛屿，岸坡比为1∶2.5～1∶5，从河道堤坝往河道中央依次形成浅水区和深水阔水区；对所述沿河缓坡的坡面进行堆石型和插孔式混凝土块型底型改造；在河心岛屿、底型改造后的沿河缓坡构建堤岸带水生植物带，在沿堤岸带构建植物浮床生物带；在疏浚后的河道放流滤杂食性鱼类和贝类、虾类动物。采用本发明的修复方法，河道水质从IV～V类提高到III类以上水质，水域生物多样性增加2倍以上，河道的调蓄水、泄洪能力更加畅顺，水系的补充地下水、固碳释氧、调节气候、水源涵养等功能得到进一步提高。