本发明公开了一种蓝藻门微囊藻水华中出现硅藻生长的培养方法，先从发生蓝藻门微囊藻属水华的水体中，通过滤网浓缩和自来水稀释获得蓝藻水华，控制蓝藻水华水体的初始叶绿素a浓度为310～500μg/L，总氮(TN)浓度为11.0～16.5mg/L，总磷(TP)浓度为0.85～1.40mg/L；将该蓝藻水华放入敞口容器内并在遮光环境中进行空气曝气，曝气量为0.3～0.5m3/h，环境遮光率为室外自然光照的80％～85％，敞口容器内水体温度为19～36℃，培养1～100天，蓝藻水华中出现硅藻生长。上述方法利于增加蓝藻水华中硅藻优势，提高蓝藻水华水体被鱼类滤食的营养价值以及水体藻类多样性，减少蓝藻危害。